Действительный член РАМН (1991), действи­тельный член АМН СССР (1978), член-корре­спондент АМН СССР (1974), доктор меди­цин­ских наук (1953), профессор (1954). Карди­олог. Кардиохирург.

После окончания Второго Московского медицинского института (1941) был мобилизован в армию и отправлен на фронт. Участвовал в шестимесячном рейде по тылам противника, в боях на Курской дуге, в освобождении Украины, Польши, Чехословакии.

Клинический ординатор (1946–1948), ассистент, доцент, профессор клиники факультетской хирургии 2-го Московского Медицинского института (1948–1956). Заместитель директора по науке Института грудной хирургии АМН СССР (1956–1957). Заведующий кафедрой грудной хирургии и анестезиологии Центрального института усовершенствования врачей, Москва (1956–1957).

Создатель и директор Института Экспериментальной биологии и медицины СО АН СССР (1957–1965), директор и научный руководитель НИИ патологии кровообращения Минздрава РСФСР (1965–1991). С 1991 г. — почетный директор Института.

Научные интересы Е. Н. Мешалкина — патология, клиника и хирургическое лечение врожденных пороков сердца. Им были выполнены впервые в отече­ственной практике 32 вида операций.

Создатель крупнейшей научно-практической школы кардиохирургии.

Автор более 800 научных работ, 12 монографий и 47 патентов и авторских свидетельств.

Е. Н. Мешалкин являлся членом международных обществ хирургов и сердечнососудистых хирургов, членом правления Всесоюзных обществ хирургов и кардиологов, почетным членом Всесоюзного общества анестезиологов и реаниматологов. На протяжении многих лет вел большую общественную работу, являясь членом Советского комитета защиты Мира, депутатом Новосибирского городского Совета народных депутатов.

Герой Социалистического Труда (1976). Лауреат Ленинской премии (1960).

Имеет государственные награды, а также ордена и медали иностранных государств. Заслуженный деятель науки РСФСР. Почетный гражданин Новосибирска (1993) и Якутска.

В 2008 г. НИИ патологии кровообращения Минздрава РФ было присвоено имя академика Е. Н. Мешалкина. Перед Институтом установлен его памятник.